在大家的通力合作之下，終於在康熙元年（西元1662年）完工，稱為「南鯤鯓廟」，因為是開台首廟，所以也叫做「開山廟」，而五府千歲也因此被尊為「南鯤鯓王」。

五王建廟所在的南鯤鯓沙汕，在地理風水上屬於「浮水金獅活穴」。這裡有三件寶物：
一、白榔樹：相傳急水溪是一條盲龍，無法自行向流。而白糠榔樹生於廟後，是浮水金獅的尾巴，急水溪就是靠獅尾的招示，左沖右轉，九九八十一轉後才能到達海面，也因此鯤鯓山才能免除山洪的侵襲。

話說明朝末年的一個晚上，數十名漁民正在南鯤鯓沙汕上捕魚，忽然從海上飄來一陣鐘鼓管弦的樂聲，並且出現一艘三檣的大帆船，緩緩駛進南鯤鯓灣。　

 

二、白馬鞍藤頭：這件寶物生在海底，根藤密佈纏繞，具有保持水土和轉海水為淡水的功用。

三、烏金石：位於「石井崙」的井邊，是漁民汲水時的踏板，相傳可以避水氣，更可以防止海水倒灌。

隔天，這些漁民一齊到港口看個究竟，結果只看到一艘破舊的小船停在岸邊，裡面載著六尊神像，分別寫著：「 大王李府千歲、二王池府千歲、三王吳府千歲、四王朱府千歲、五王范府千歲、中軍府」，以及一支神木和「代天巡狩」的旌旗。

漁民於是將這些神像供奉在草寮內，早晚焚香膜拜，結果從那天起，漁民只要出海捕魚，一定滿載而歸。從此神威廣播，信徒也越來越多。後來有人提議建廟來供奉神明，但是因為財力不夠，只好祈求五王另外找尋吉地。

在隆重祭祀之後，漁民們恭送王船出港。想不到出港不到一佪時辰，王船竟然又逆流返航，而且停靠在原來的地方。漁民驚訝不已，並認為五王打算長駐在這裡，所以再次恭迎上岸，安奉在草廟中祭拜。

王船逆流返航的神蹟遠近轟動，朝聖謁拜的人絡繹不絕，居民的生活也因為漁獲豐富，而日漸改善。後來沿海居民感受到神恩浩蕩，再度提議為五王建廟，於是有錢出錢，有力出力，建廟工程正式展開。

這時三王吳府千歲親自起駕，選定吉地在南鯤鯓的南邊，大王李府千歲也大顯神通，將金紙變成白銀，並且化成漁民遠渡福州買杉、泉州購石、漳州沽磚瓦，又租船將這些建材運回南鯤鯓，隨後展開建廟工程。

神廟建築期間，泉州名雕刻師「媽福師」受五王託夢，隻身來台雕刻神像，原王船內的神木劃有六段，媽福師依指示取前五段雕刻成五王金身，第六段雕刻成中軍府，也就是現在所說的「開基正身」神像。

神像完成後，五王選擇吉時於四月二十六日午時開光點眼，由高功法師主持，點睛後神像鏗然有聲，振動不已，其中三王振動最為激烈，足足有半個時辰之久。

鯤鯓三寶的地靈顯赫，使得「鯤鯓王爺」的神威更加遠播。不料，有一天來了一個和尚，這個和尚曾因破戒，遭受過五王的譴責，因而懷恨在心，知道五王在這裡建廟，特地前來報復。他利用夜深人靜的時候，砍倒白榔樹，並挖出樹心而去。

後來，荷蘭人（昔稱紅毛番）又盜走烏金石，並且掘取白馬鞍藤頭，於是南鯤鯓的地理風水盡遭破壞，不久，山崩海嘯、山洪暴發，南鯤鯓海汕就這樣慢慢被海水吞沒了。